En 1564, el Hospital de San Pedro surgió como una necesidad para la protección de la salud de los conquistadores, sus familias, esclavos libertos e indígenas que sufrían de enfermedades debido a circunstancias climáticas o bacterias importadas. Todo esto fue posible gracias a la donación hecha por Juan de los Barrios.
Inicialmente, el hospital estaba ubicado en la parte posterior de la Catedral Primada de Colombia y era atendido por frailes dominicos y franciscanos, con la última orden perteneciendo al arzobispo Juan de los Barrios. Estas personas proporcionaban alivio a los enfermos debido a su cultura general de mística religiosa y simple intuición.
El primer hospital era un convento-hospital de carácter privado y su viabilidad financiera se debió posiblemente a la sensibilidad social de los religiosos y algunas personas económicamente poderosas que prodigaron donaciones, regalos y limosnas para su establecimiento y posterior sostenimiento. La ayuda del virreinato fue mínima.
Durante la Colonia Española, todas las instituciones necesitaban la autorización de la Real Audiencia y del Virrey, por lo que el establecimiento del hospital debió obtener el permiso de la Corona Española, aunque sin participar en la iniciativa, sostenimiento o control.
El Hospital de San Pedro se convirtió en el núcleo del desarrollo de la medicina colombiana y con el tiempo logró la vinculación de algunos extranjeros establecidos en Santafé para el servicio del Virrey o como protomédicos, quienes poco a poco le inculcaron cierta orientación médica.
El Hospital San Juan de Dios vivió una etapa de apogeo desde 1926 hasta 1979, después de ser establecido en los predios de La Hortúa bajo la dirección de la Junta de Beneficencia y la orientación científica de la Universidad Nacional de Colombia. Con el ambiente de paz y progreso económico de la época, muchos médicos viajaron a Europa y trajeron nuevas ideas tanto médicas como arquitectónicas. El hospital se convirtió en uno de los centros de investigación y formación médica más importantes de Colombia, asociado con la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional.
El Hospital San Juan de Dios sufrió una quiebra entre 1999 y 2001 debido a la Ley 100, que volvió inviables las finanzas del complejo hospitalario. Sin embargo, en 2002, mediante la Ley 735, se declaró monumento nacional al SJD y al Instituto Materno Infantil, y se ordenó adelantar todas las acciones necesarias para volver a hacer del complejo hospitalario un centro universitario.
Tras la quiebra, los trabajadores del SJD iniciaron una lucha por sus derechos y para intentar la reapertura del complejo. Durante 13 años, más de 100 trabajadores vivieron literalmente en las instalaciones del centro de salud como forma de presionar por una indemnización por su labor en el hospital hasta 2001. El pago, parcial, no llegaría hasta finales de 2012.
En enero de 2015, el Distrito de Bogotá recibió la transferencia de los predios del SJD por un valor de $150 mil millones. Empezó entonces el proceso de estructuración de un proyecto para reabrir el SJD, y se encargó a la Universidad Nacional el diseño de un Plan Especial de Manejo y Protección (PEMP) para restaurar y reabrir el complejo. El PEMP se presentó entre 2013 y 2015, pero no se alcanzó a aprobar durante la administración Petro y fue hasta 2016, ya posesionado el exalcalde Peñalosa, que se validó el extenso documento.
El Gobierno nacional, a través de los ministerios de Cultura y Salud, y el Gobierno distrital, a través de la Secretaría Distrital de Salud, el Instituto Distrital de Patrimonio Cultural y la Empresa de Renovación y Desarrollo Urbano, están trabajando en conjunto para recuperar y proteger el Complejo Hospitalario San Juan de Dios de Bogotá. El proyecto contempla la recuperación de 11 de los 17 edificios de mayor valor patrimonial del complejo, así como de los espacios emblemáticos del costado nororiental.
En este momento, se está llevando a cabo la convocatoria para recuperar varios edificios del Complejo San Juan de Dios, como San Roque, San Jorge, Siberia, Mantenimiento y San Eduardo, entre otros. El objetivo es consolidar la primera etapa de la reactivación funcional de este hospital y comenzar el proceso de integración urbana de sus jardines y plazoletas.
La inversión total del Distrito es de $507 mil millones, que se utilizarán para recuperar el Complejo Hospitalario, construir un nuevo Hospital Público Universitario San Juan de Dios y un nuevo Centro de Salud. Estos proyectos beneficiarán especialmente a 360 mil personas de las 6 localidades de la ciudad que están a su alrededor, como Santa Fe, Mártires, San Cristóbal, Antonio Nariño, Rafael Uribe y La Candelaria.
